Team ennemis

alors qu'il a fait un bout de voyage avec Rouge en se faisant passer pour un archéologue. Tous deux assistent à l'incendie du musée d'Argenta, causé par deux Magmar sauvages. Si le jeune garçon se contente de les mettre K.O., Giovanni ne leur laisse aucune chance et les tue sans hésitation. Par la suite, Giovanni apparaît de temps en temps pour donner des ordres à ses agents (notamment Koga, Morgane et le Major Bob), et il ne participe pas réellement au combat de la Sylphe SARL. Sa véritable confrontation avec Rouge a lieu lorsque celui-ci combat pour l'obtention de son dernier badge dans l'arène de Jadielle. Durant ce combat, il prouve que sa réputation de champion le plus fort de Kanto est loin d'être usurpée. Rouge apprend grâce à lui comment véritablement se comporte durant un affrontement, et qu'un vrai combat ne se limite pas à donner des ordres à ses Pokémon. Le jeune garçon gagne le combat de justesse, mais s'évanouit. Giovanni disparaît alors corps et âme, et n'est plus réapparu avant l'Arc Jaune où on apprend qu'il a libéré Red. Il bat Peter très facilement malgré le fait qu'il soit membre du conseil 4, mais se fait prendre son badge, ce qui permet à Peter de réaliser son plan. Il part alors discrètement et déclare à ses trois anciens lieutenants que la Team Rocket n'est pas encore prête et qu'il doit se préparer avant de revenir. Il conseille aux trois personnages de retourner s'occuper de leurs arènes.

Il a monté un grand groupe avec toute les Team, et grace a Hoopa, il ramena des legendaire d'autre dimension afin de se faire respecter. Avec divers scientifique et un dark Mewtwo il créa la fusion des pokemon.